Từ tháng 7/1990 đến tháng  9/1999, TTYT huyện Võ Nhai thuộc UBND huyện Võ Nhai quản lý ( khoảng  9 năm). Từ  tháng 10/1999 đến nay Trung tâm Y tế huyện thuộc Sở Y tế quản lý (khoảng 22 năm). Tháng 10/2008 Trung tâm Y tế chia tách thành Bệnh viện đa khoa và Trung tâm Y tế. Đến tháng 7/2018 sáp nhập Trung tâm Y tế và Bệnh viện đa khoa thành Trung tâm Y tế huyện Võ Nhai cho đến nay. Qua hơn 22 năm trực thuộc Sở Y tế, Trung tâm Y tế huyện Võ Nhai luôn đảm bảo công tác phòng bệnh, khám bệnh, chữa bệnh đảm bảo sự chỉ đạo thống nhất xuyên suốt của Sở  Y tế về chuyên môn, nhiệm vụ theo ngành dọc, các đơn vị học hỏi nhiều kinh nghiệm hơn từ các bệnh viện tuyến trên, nâng cao tay nghề, thu hút người bệnh. Thuận lợi trong lĩnh vực y tế dự phòng – khám chữa bệnh – dân số và các Trạm y tế.

Sơ đồ tổ chức