Trung tâm Y tế huyện Bình Sơn thành lập theo Quyết định số 2163/QĐ-UBND ngày 10/11/2017 của Chủ tịch UBND tỉnh Quảng Ngãi, trên cơ sở hợp nhất Bệnh viện đa khoa huyện Bình Sơn và Trung tâm Y tế dự phòng huyện Bình Sơn;
Thực hiện theo Quyết định số 3870/QĐ-SYT ngày 26/12/2017 của Giám đốc Sở Y tế tỉnh Quảng Ngãi, về việc Ban hành Quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức bộ máy của Trung tâm Y tế huyện Bình Sơn, tỉnh Quảng Ngãi; Quyết định số 2490/QĐ-SYT ngày 17 tháng 12 năm 2018 sửa đổi, bổ sung một số Điều của Quy định chức năng, nhiệm vụ quyền hạn và cơ cấu tổ chức bộ máy  của Trung tâm Y tế huyện Bình Sơn, tỉnh Quảng Ngãi ban hành kèm theo Quyết định số 3870/QĐ-SYT ngày 26/12/2017 của Giám đốc Sở Y tế Quảng Ngãi gồm có 21 khoa, phòng và 25 trạm y tế xã, thị trấn như sau:
* Khối quản lý gồm 05 phòng:
+ Phòng Tổ chức- Hành chính
+ Phòng Kế hoạch- Nghiệp vụ
+ Phòng Tài chính- Kế toán
+ Phòng Điều dưỡng- TT & CTXH
+ Phòng Dân số.
* Khối Y tế dự phòng gồm có: 03 khoa
+ Khoa Kiểm soát dịch bệnh- HIV/AIDS
+ Khoa An toàn thực phẩm- Dinh dưỡng
+ Khoa Y tế công cộng.
* Khối Điều trị gồm có: 12 khoa
+ Khoa Chăm sóc sức khỏe sinh sản- KHHGĐ
+ Khoa Khám bệnh đa khoa
+ Phòng khám đa khoa cơ sở II
+ Khoa Cấp cứu- Hồi sức và chống độc
+ Khoa Nội tổng hợp
+ Khoa  Nhi
+ Khoa Bệnh nhiệt đới
+ Khoa Ngoại tổng hợp – LCK ngoại
+ Khoa YHCT- Phục hồi chức năng
+ Khoa Xét nghiệm
+ Khoa Dược- VTYT
+ Khoa Kiểm soát nhiễm khuẩn
+ Khoa Chẩn đoán hình ảnh- Thăm dò chức năng.

Trong thời gian qua, các hoạt động công tác xã hội tại Trung tâm Y tế Bình Sơn luôn nhận được sự quan tâm, định hướng hỗ trợ và tạo điều kiện của Đảng ủy, Ban Giám đốc, Ban chấp hành Công đoàn Trung tâm nên hoạt động ngày càng chuyên nghiệp và đạt những hiệu quả tích cực góp phần nâng cao sự hài lòng của người bệnh đến khám, chữa bệnh tại Trung tâm.
Tuy đạt nhiều kết quả tích cực, song hiện nay hoạt động của Tổ vẫn còn những khó khăn nhất định. Do tổ mới thành lập nên bước đầu chỉ tập trung tư vấn hỗ trợ dịch vụ khám chữa bệnh,  hướng dẫn, hỗ trợ người bệnh đến khám ngoại trú. Hoạt động thăm hỏi người bệnh điều trị nội trú còn hạn chế.
          Mục tiêu của Trung tâm Y tế huyện Bình Sơn là trong thời gian sắp tới sẽ tiếp tục hoạt động tích cực hơn nữa để hỗ trợ bệnh nhân tại Khoa khám bệnh, các bệnh nhân nội và ngoại trú tại Trung tâm; tăng cường các hoạt động thăm hỏi người bệnh nội trú tại các khoa, phòng; mở rộng các hoạt động truyền thông quảng bá hình ảnh và thông tin về hoạt động của; huy động tìm nguồn kinh phí hỗ trợ tiền ăn và tiền viện phí cho người bệnh có hoàn cảnh khó khăn đang điều trị tại Trung tâm. Đặc biệt, quan tâm hơn nữa việc triển khai thực hiện, nắm chắc các quy định của pháp luật về  bảo vệ quyền lợi, trách nhiệm của bệnh nhân và cán bộ nhân viên y tế. Qua đó, giúp cho công tác khám, chữa bệnh tại Trung tâm được thuận lợi, ngày càng nâng cao sự hài lòng của người bệnh.